Als Grundbesitzer und somit Pachtherr der Schafflunder Wassermühle steht von 1477 an das Schleswiger Domcapitel in den Annalen. Der damalige Erwerb der "Molen to Schaftling" ist die älteste Erwähnung der Mühle (1477). Der Arbeitskreis Dorfgeschichte ist sich sicher, daß sie schon Jahrhunderte vorher gebaut wurde.

Zu den durch Ankäufe ständig erweiterten Besitztümer das Domcapitels gehörte außerdem eine Reihe weiterer Güter und Höfe, so daß die sich aus dem Mühlenzwang in Zeiten der Feudalherrschaft (13. bis 17.Jahrhundert) ergebenden sogenannten Zwangsgästen des Schafflunder Mühlenbereiches weit verstreut waren. R. Meiborg schreibt: "Zur Schafflunder Mühle war 1778 fast die ganze Wiesharde, die Hälfte der Karrharde und eine Ecke der alten Nordergoesharde pflichtig; ihr Bezirk, ungefähr 10 Quadratmeilen groß, erstreckte sich von Wanderup bei Översee bis Bau, und von den Thoren Flensburgs bis an die Marsch ... Hier lagen achtzehn mühlenpflichtige Dörfer mit 102 Mahlgästen; die am fernsten Wohnenden hatten - hin und zurück - sechs Meilen auf erbärmlichen Sandwegen zurückzulegen."

Der älteste bekannte Müller der Schafflunder Mühle ist wohl Gottborch Clausen gewesen, und zwar von 1580 bis 1603. Danach folgte bis 1629 sein Sohn Claus Gottburgsen. Der älteste noch bewahrte Pachtvertrag wurde 1629 zwischen Gottber Clausen und dem Schleswiger Domcapitel abgeschlossen. Er konnte bisher nur unvollständig entziffert werden. Der Sinn ist jedoch zweifelsfrei zu entnehmen: Im Auftrage des Schleswiger Domcapitels verfestete (verpachtete) Johan Schönberg die Mühle gegen eine Entgelt (Festegeld) von 25 Reichstalern an Gottber Clausen. dieser übernahm die Mühle mit allen Ländereien, wie sein Vater, auf Lebenszeit. Er mußte sie auf eigene Kosten unterhalten und bekam dafür freies Holz aus den Waldungen des Domcapitels. Die jährliche Abgift (Pachtzins) sollte er pünktlich bezahlen.

Gottber Clausen war jedoch mit 17 Jahren wahrscheinlich den Anforderungen nicht gewachsen: In einer Urkunde von 1636 wird festgestellt, daß er die Mühle, weil sie ganz baufällig sei und fast von Grund auf repariert werden müsse, nicht länger unterhalten könne. Deshalb mußte er sie schon nach sieben Jahren an den Flensburger Müllersohn Caspar Kühl abtreten. Auch ihm wurde sie mit dem dazugehörigen Mühlenteich, der Fischerei und den Ländereien auf Lebenszeit verfestet. Caspar Kühl heiratet 1640 die Schwester Gottbers, Momme Clausen. seitdem blieb die Mühle nahezu 150 Jahre in der Erbpacht der Familie Kühl.

Aufgrund des weiten Zwangsbereiches und wohl auch der langen Erbpachtfolge der Familie Kühl konnten die Schafflunder Müller beträchtlichen Reichtum ansammeln. Meiborg schreibt noch Ende des vorigen Jahrhunderts: "Die Schafflunder Mühle ...gehörte zu den ansehnlichsten Bauten des mittleren Schleswigs. Leider hat man mit ihr übel verfahren, und namentlich die Vorderseite hat ihr eigentümliches Gepräge ganz eingebüßt..."

Hinter der Mühle im Garten lag lange Jahre eine Stampfmühle, 1673 zum ersten Mal erwähnt. Sie wurde von Wasser der Meyn-Au angetrieben, die früher durch einen zweiten kleineren Teich hindurch südlich um Gebäude und garten herum verlief. Die Stampfmühle war für den Müller ein lohnendes Zusatzgeschäft. In ihr wurden handgewebte Stoffe durch Holzblöcke, deren Auf- und Abbewegung mit Wasserkraft erfolgte, in großen Bottichen in einem Gemisch von Wasser und Lehm gestampft. Dadurch wurden die Stoffe weich und schmiegsam. Aus einer Abrechnung ergibt sich, daß Färber aus Husum, Bredstedt, Niebüll, leck, Flensburg, Broakker und Schleswig Stoffe zum Stampfen lieferten. Auch in Schafflund selber war eine Färberfamilie angesiedelt. Um die Jahrhundertwende gingen die Stampfmühlen durch das Aufkommen der Fabrikstoffe ein.

Die Stillegung der alten Mühle im Jahre 1961 veränderte nicht nur die Au und den Mühlenteich. So wurde nach dem Verkauf des Staurechts 1962 an den Wasser- und Bodenverband verkauft. Der ließ den Mühlenteich im Zuge der Begradigung und Ausbau der Au fast völlig verschwinden. Das Rad kam damals samt Antriebsteilen nach Molfsee ins Freilichtmuseum, um dort die Ruruper Mühle zu vervollständigen. Das Haus um das Wasserrad herum verschwand. Die Kunstschätze haben im Flensburger Museum ihren Platz gefunden.